A pesar de las mutuas rivalidades y escaramuzas, las dos ciudades vecinas se mantuvieron hasta 1241, año en que el rey Bela IV, perseguido por los Tártaros, se detiene con su séquito en Gradec. Dichos artesanos y comerciantes, por lo visto predecesores de los hosteleros actuales, cogieron la oportunidad al vuelo y durante ocho meses enteros le brindaron al rey el mayor confort y protección posibles. El rey se sintió agradecido y en 1242 le otorgó a Gradec el título de "Ciudad real libre" concediéndole así mismo una serie de privilegios. El documento en donde constan estos hechos se denomina «Real Cédula Aurea».

Aquellos privilegios y aquel status no incluían a Kaptol. Esta circunstancia originó nuevas enemistades que en vez de disminuir fueron recrudeciéndose, sin soñar siquiera que un día se unirían, las dos ciudades vecinas arremetieron violentamente una contra otra en 1396. En recuerdo de aquel conflicto, una callejuela lleva hoy el nombre de "Puente Sangriento". A pesar de todo, las dos ciudades iban creciendo con sus alrededores. No faltaron oportunidades en que hubo que unir las fuerzas, especialmente durante el siglo XV, época de las invasiones turcas.

En 1557 Zagreb se convierte en la capital de Croacia, en donde tendrá su sede el gobernador (Ban). El parlamento croata (Sabor), se reúne ya sea en Gradec o también en Kaptol. La nobleza feudal hace construir sus palacios en Gradec, a pesar de que en las cercanías posee castillos y tierras cultivadas por siervos y campesinos libres, pero desposeídos.

También aquí existían espíritus rebeldes y con ideas propias. Algunos de ellos se dieron cuenta tempranamente de que el mundo no debe necesariamente ser organizado de modo que unos solo tuvieran que trabajar y los otros gozaran de todos los derechos. En 1573, encabezado por Matija Gubec, el campesinado organizó una de las rebeliones más grandes de aquel tiempo, a la que el ejército feudal ahogó a sangre y fuego. El espíritu rebelde sin embargo, se mantuvo intacto.

En 1606, los jesuitas, recién llegados, fundaron el primer Colegio y luego en 1669 la Universidad. Zagreb se convirtió en el centro escolar, universitario y científico mas importante de toda la región. Al interior de Croacia, sobre todo en Croacia del Norte, en donde las antiguas ciudades fueron destruidas durante las invasiones bárbaras, se van creando progresivamente poblados, aldeas y ciudades a través de todo el territorio, favorizado también por las ocupaciones y fortalezas construidas por los señores feudales croatas. Pero un cierto numero de entre ellas serán destruidas por la invasión de los Mongoles (1241). El peligro de una nueva invasión Mongol beneficia el nuevo desarrollo de las ciudades fortificadas a las cuales los reyes les otorgarán privilegios y libertades.

Las siguientes ciudades, como la ya fundadas anteriormente, obtienen estatutos de ciudades libres: Varazdin (1209), Samobor y Zagreb(1242), Krizevci y Jastrebarsko (1257).

Estas ciudades envían también a sus representantes al Sabor de Croacia como a los Sabor locales. Es el tiempo en que el desarrollo de la ciudad va aparejado con el desarrollo de la agricultura, el artesanado y el comercio, tanto en tierra como en el mar.

Dubrovnik.- Una de las ciudades que jugaron un gran rol en el desarrollo comercial y cultural de Croacia así como de los Balcanes en general, fue la ciudad de Dubrovnik. Bien merece un estudio especial, ya que su historia casi la separa completamente de Dalmacia. Fue la ciudad independiente por excelencia, la fortaleza inaccesible y al mismo tiempo la ciudad siempre abierta para aquellos que la desgracia y los tiranos hacían huir.

Construida sobre una roca volcánica que la convierte en inexpugnable durante siglos, Ragusa, cuyo nombre croata es Dubrovnik, resistió a los asaltos mas furiosos ya sean venidos de la naturaleza o de los hombres. Los terremotos más devastadores, y los ataques más tenaces de sus enemigos, nada pudieron contra la tenacidad y el coraje de esta ciudad-fortaleza.

Una teoría nos habla que Ragusa fue fundada en el año 265 de nuestra era, cuando la pequeña ciudad romana de Epidaurus es destruida por los Godos. Sus habitantes huyendo de los bárbaros, se refugian en una roca inaccesible en la cual construirán sus hogares, con lo cual serán las primeras construcciones de una ciudad que se llamará sucesivamente, Rausia, Lavusa, Raugis, Rachusa, Ragusa.

El nombre de Dubrovnik es un derivado de la palabra «roble», y que eran los bosques que hacían vecindad a la ciudad, y cuya madera sirvió para su construcción. Los Turcos a su vez, corrompían el nombre croata, para llamar a la ciudad como «Dobro Venedik» («la Buena Venecia»), quizás para distinguirla de su enemiga jurada, la Venecia de los dogos. En el siglo XIII, el pequeño canal que separaba la ciudad es rellenado, el cual pasa a ser la arteria principal de ella, y en la que la población croata a pasado a ser mayoritaria.

Después del acuerdo del año 812 entre Carlomagno y Bizancio, Dubrovnik hace parte de cinco ciudades de la Dalmacia bizantina, y con el correr del tiempo reconoce la protección sucesiva de los Ban de Zeta (Montenegro), de los reyes de Croacia, a los Normandos, Venecia, y a los reyes de Anjou, antes de convertirse en una ciudad libre a partir del siglo XVI, cuando debe pagar un tributo a los Turcos para así conservar su independencia hasta el año 1807(Napoleón).

Para mantener su independencia desde el siglo XI, la ciudad debe firmar numerosos tratados que le permiten preservar su autonomía y asegurarse el libre comercio sobre el Adriático y el mar Mediterráneo: con Pisa, Bizancio, Nápoles, España y sobre todo con los soberanos de los estados balcánicos, como Stevan Nemanja y el zar Duchan de Serbia, con el Ban Kuline de Bosnia en 1189, tratado escrito en lengua croata y en el cual, por la primera vez, la ciudad lleva su nombre croata de Dubrovnik. Una crónica árabe del año 1154 menciona que Dubrovnik es la última gran ciudad de Croacia hacia el Mediterráneo. Lo cual prueba que Dubrovnik como las otras ciudades romanas en Croacia dálmata, eran habitadas en su mayoría por los Croatas, a pesar de la población siempre existente del Imperio Romano. Con el tratado de Zadar de 1358, Venecia renuncia a sus derechos sobre Dubrovnik quien es incorporado nuevamente al reino de Hungría-Croacia.

A partir de 1358, es el periodo mas próspero de Dubrovnik, el cual dura hasta el terrible terremoto de 1667, que destruirá la ciudad hasta sus cimientos y el incendio de sus palacios "iluminarán la noche como si fuese de día." De los siglos XIII al XV, Dubrovnik extiende su territorio desde las Bocas del Kotor hasta el río Neretva al norte, incluyendo las islas como Mljet, Lastovo, Sipan y la península de Peljesac. Dubrovnik con su autonomía y su prosperidad comercial, se convertirá en la «Atenas croata» durante numerosos años, y el faro para Croacia en sus peores momentos de resistencia en contra del Imperio otomano.

En el año 1460, llega a las puertas de Dubrovnik, Mehmed I (1379-1421), sultán otomano que en el 1453 conquista Constantinopla, en el 1459 se apodera de Serbia y conquista Bosnia en 1463, y ahora se encuentra ante la pequeña república que osa oponerse ante tan poderoso conquistador. La ciudad ya está sitiada y rodeada por las tropas del sultán. La leyenda dice que una noche Mehmed tiene un sueño, en el que ve a un viejo de largas barbas el cual le provoca un gran espanto, ya que le profetiza su muerte y la derrota si intenta tomar la ciudad; al día siguiente recibe al embajador enviado por la ciudad para parlamentar y con estupor el conquistador otomano ve que en el escudo de armas de los defensores está el mismo viejo del sueño de la noche anterior, el cual no es otro que San Blas, patrón de la ciudad. Los ejércitos de Mehmed se retiran sin tocar a Dubrovnik.

En el siglo XIV es construido el monasterio de los Franciscanos, con la primera farmacia de Europa la cual funciona hasta el presente; siglo XV: el monasterio de los Dominicanos, el palacio del alcalde, los muros de protección de la ciudad, el reloj de la ciudad, la fuente de Onofrio, la columna de Rolando y el acueducto. Las canalizaciones de la ciudad datan del siglo XIV y desde el siglo XV existen en Dubrovnik escuelas y bibliotecas. Todo esto crea un ambiente cultural y de progreso en el cual trabajarán numerosos artistas croatas e italianos en la arquitectura, la escultura y la pintura. La influencia del humanismo europeo y el Renacimiento, inspiran las obras de D. Drzic y S. Mencetic, quienes crean así la primera literatura croata moderna. La literatura después de Drzic continúa su marcha triunfal sobre todo con Ivan Gundulic, poeta y pensador inigualable del siglo XVII. Hasta el día de hoy, Dubrovnik se llama con razón la "Ciudad de Drzic, Gundulic y Voinovic", ya que el pensamiento y la obra de estos tres grandes, viven aún en Dubrovnik y son la admiración de sus contemporáneos.

Las espléndidas composiciones dramáticas "Osmán", "Dubravka", "Las lágrimas del hijo pródigo" hacen aparecer a Gundulic como un combatiente implacable por la justicia, como un poeta que se levanta en contra de la esclavitud de los pueblos, en contra del yugo turco de esos tiempos; él aparece como el cantor de la libertad y de la independencia de Dubrovnik y como un genio cuyo pensamiento vuela hacia los mares y los cielos. Por la altura y la profundidad de su espíritu humanista y patriota, Gundulic es el más grande de los escritores de los hogares y familias de Dubrovnik, un orgullo cierto para toda Croacia.

Otras ciudades como Trogir, Split, Sibenik, Zadar y las islas de Hvar y Korcula, fueron importantes centros comerciales y culturales de Croacia en la Edad Media; un cierto numero de croatas trabajaban al servicio de Venecia, entre ellos Marco Polo, quién muy probablemente se llamara Marko Polic y que nada tenía de veneciano, sino originario de la isla de Korcula. En esa época muchos croatas latinizaban sus nombres y apellidos. Por lo demás, los croatas dálmatas se habían forjado desde hacia mucho tiempo, su fama como grandes marinos, y por lo tanto viajeros innatos. No es de extrañar así, la tradición o leyenda que habla de que entre los 120 marineros de las tres carabelas de Cristóbal Colón con las cuales descubre América en 1492, se hallaban también marinos croatas. España fue uno de los países del Mediterráneo con el que Dubrovnik mantuvo excelentes relaciones comerciales durante siglos. Así la República de Ragusa, croata y libre, fue honrada ya en el año 1422 por la presencia de un cónsul aragonés.

Hacia el fin del mismo siglo los croatas de Ragusa acababan de concluir un importante convenio comercial con Fernando V el Católico. Este rey, así como sus sucesores, mostraba un favor constante hacia la República de Ragusa. Por fin, no es menester mencionar, que entre los marinos de las carabelas de Colón hubo algunos marinos croatas, y que las galeras de la República croata de Ragusa, como conjunto separado, participaron con éxito en la batalla de Lepanto, donde la victoria de Don Juan de Austria sobre los Turcos, aumentó la gloria y la grandeza del cristianismo y de España.